ويخضع البشير وعدد من قيادات الحركة الإسلامية مدنيين وعسكريين و3 من قادة حزب المؤتمر الشعبي بتهم تقويض النظام الدستوري والانقلاب على السلطة المنتخبة حينها، وهي تهمة تصل عقوبتها الإعدام في حال الإدانة وفقا للقانون الجنائي السوداني.

وقال البشير لدى الإدلاء بأقواله أمام المحكمة التي تنظر في القضية، "أقف أمام هذه المحكمة، وأقول بكل فخر وإعزاز، بأنني قائد ومفجر ثورة الإنقاذ الوطني، وأتحمل كل المسؤولية عن ما جرى في يونيو 1989".

وأضاف أنه كان يتابع باستمتاع محاولات هيئة الاتهام وإتيانها بمقاطع الفيديو لإثبات تورطه في الإنقلاب.

وأوضح البشير في إفادته بأن كل أعضاء مجلس قيادة الثورة المتهمين في البلاغ ليس لديهم أي دور في التخطيط والتنفيذ للاستيلاء على الحكم، مرجعا اختيارهم في كابينة القيادة حينها لتمثيل وحداتهم العسكرية وبعض الجهات.

كما نفى وجود مدنيين ساعدوا في دعم تحرك العسكر، مؤكدا أنه هو عمل  عسكري بحت ولم يكن في حاجة للمدنيين لمساعدتهم.

وتناقض شهادة البشير التي أدلى بها أمام المحكمة رواية عراب الحركة الإسلامية الراحل حسن الترابي، الذي تحدث خلال مقابلة لبرنامج "شاهد على العصر" كاشفا حينها أن الانقلاب خططته "الحركة الإسلامية" وأن البشير لم يعلم بالأمر إلا قبل يوم من التنفيذ، حيث جيء به من مناطق العمليات في جنوب البلاد وأن رتبته  فقط هي التي جعلته يقود الانقلاب.

وأشار البشير للأوضاع السيئة التي كان يعاني منها الجيش قبل استيلائهم على السلطة وسقوط بعض المدن في جنوب السودان في أيدي المتمردين، مبينا أن مذكرة القوات المسلحة التي قدمت للقيادة السياسية قبل وقت وجيز من سيطرتهم على الحكم كانت السقوط الحقيقي للحكومة حينها.

وأردف "مذكرة القوات المسلحة ووضحت حجم الخطر على البلاد نتيجة للضعف الذي كان يعاني منه الجيش، والنقص الكبير في الآليات والذخيرة والأدوية، وأن الذخيرة المستخدمة في ذلك الوقت والتي تحصلت عليها الحكومة من بعض الدول لم يتمكن الجنود من استخدامها لعدم مطابقتها وهي كلها نماذج لسوء الأحوال ومنحت المذكرة الحكومة 7 ايام لتنفيذ بنودها ولم يتم الوفاء ولم يكن هناك كثير وقت للانتظار".

وأكد أن الجيش استند في تحركه على المادة 15 من دستور السودان لسنة 1965 المعدل وهي المادة التي تتحدث "عن أن حماية ومكتسبات ثورة رجب أمانة لدى القوات المسلحة"، ورأى بأن تدخل القوات كان نتيجة لعجز الإدارة السياسية والفشل الذي لازم أداء الأحزاب.

وتباهى البشير بالإنجازات التي حققها إبان توليه حكم السودان في مجالات البنى التحتية والطرق والجسور والجهود التي بذلت في تطوير قطاع الكهرباء علاوة على الاهتمام بالتعليم العام والعالي وترقية الخدمات الصحية وتوسيع مظلة التأمين الصحي إضافة إلى إنشاء المئات من المراكز الصحية، فضلا عن استخراج البترول وصرف عائداته في التنمية وترقية الخدمات.

وقال "كنا ندير البلاد لأكثر من 10 سنوات بموازنة أقل من مليار دولار رغم ذلك كنا نعمل في التنمية وحققنا نجاحات عديدة، ولم نأت حبا للسلطة خدمنا شعبنا وقدمنا له ما يستحق".