كشف تقرير ديوان المحاسبة لعام 2012 عدم قيام هيئة تنظيم النقل البري بتسديد اشتراكات الضمان الاجتماعي منذ (2002 - 31/1/2006) مما ترتب على الهيئة فوائد تأخير بقيمة 2590 دينارا خلافا لاحكام المادة (19) من قانون الضمان الاجتماعي رقم (19) لسنة 2001. كما ورد في التقرير انه ولدى الكشف على اعمال عطاء مشروع مركز انطلاق ووصول جرش (مجمع جرش) رقم (2/2011) والبالغ قيمته عند الاحالة 1,8 مليون دينار، والصادر به امر مباشرة بتاريخ 5/9/2011 ولمدة عقدية 300 يوم تبين ان نسبة الاعمال المنفذة فعليا بالموقع 10% والنسبة المطلوب انجازها حسب العقد الاصلي والبرنامج 35% اي بتأخير نسبته 25%. وانتقد التقرير توقف العمل كليا بالمشروع لوجود عوائق عديدة تتمثل في اشجار حرجية ومحولات كهربائية واعمدة هاتف وغيرها، مشيرا التقرير الى انه لم يتم دراسة المخططات التصميمية من قبل الهيئة بشكل دقيق قبل طرح العطاء وتبين ذلك من خلال التداخل بين قواعد المبنى المنفصلة وقواعد الجدار الاستنادي على شارع سوف، بالاضافة الى حاجة بلدية جرش الى اضافة 20 مخزنا الى المشروع بناء على طلبها ولم يتم اتخاذ اي اجراء بهذا الخصوص من حيث اعداد المخططات واصدار امر بذلك، بالاضافة ايضا الى وجود خلاف بخصوص نوعية حجر المباني المنوي استخدامه بالمشروع.

واشار التقرير الى عدة مخالفات في بند المقبوضات كخلو سندات القيد من توقيع المفوضين بالتوقيع للاعوام 2004-2010، واستلام بعض الايرادات من قبل امين الصندوق دون توجيه امر القبض من المدير المالي، كما ويتم اصدار اوامر قبض على اوراق عادية وليس على النموذج المعتمد لهذه الغاية، بالاضافة الى التأخير في ايداع المبالغ المحصلة لدى البنوك، وقيام بعض الموظفين غير المكلفين رسميا وغير المكفولين ماليا بقبض اموال الهيئة وايداعها لدى البنوك في حال غياب امين الصندوق.