وللمركز مجلس يرأسه رئيس الوزراء وعضوية كل من وزير الصحة ووزير الزراعة ووزير المياه والري ووزير البيئة ورئيس المركز ومدير عام الخدمات الطبية الملكية، وأربعة من الخبراء في المجالات المعنية بعمل المركز، تتم تسميتهم بقرار من رئيس الوزراء بناء على تنسيب الرئيس ولمدة أربع سنوات قابلة للتجديد.
وكان نظام المركز الوطني لمكافحة الأوبئة والأمراض السارية لسنة 2020 قد نشر في الجريدة الرسمية في الثالث والعشرين من شهر تشرين الثاني الماضي
