ووجهت للمسماري عدة تهم في مقدمتها القتل العمد مع سبق الإصرار والترصد لستة عشر من ضباط وأفراد الشرطة المدنية من قوة مأمورية مداهمة الواحات البحرية بتاريخ 20 تشرين الأول 2017، إلى جانب الشروع في قتل 12 فردا من ضباط وأفراد الشرطة المدنية عمداً.
كما وجهت للمسماري تهمة الاشتراك في ارتكاب جرائم إرهابية وقتل لضباط القوات المسلحة والشرطة، وإتلاف أسلحتهم ومعداتهم، واستهداف المنشآت العامة والحيوية في مصر.
