رغم مرور 15 عاماً على العملية، كشفت مقالة تعود إلى أحد أفراد تنظيم القاعدة أن زعيم التنظيم أسامة بن لادن استوحى فكرة خطف الطائرات الأميركية وتفجير مبان في الولايات المتحدة من، سقوط الطائرة المصرية فوق المحيط الأطلسي عام 1999.

صحيفة أنصار الشريعة التابعة للقاعدة قالت إن بن لادن بعدما سمع عن تفجير الطائرة المصرية "لماذا لم يحطمها على بناية ما؟" وبعد ذلك بات بن لادن يفكر في تنظيم هجوم إرهابي على أميركا باستخدام الطائرة، بحسب ما ذكرت صحيفةالإندبندتالبريطانية.

ونشرت صحيفة الشريعة مقالاًلناصر الوحيشي-السكرتير الخاص لأسامه بن لادن في تلك الفترة والذي لقب بعدها بأمير تنظيم القاعدة في بلاد العرب حتى اغتالته طائرة أميركية بدون طيار في اليمن عام 2015- بعنوان "أحداث 11 سبتمبر القصة غير المروية"، قال فيه إن التخطيط للهجوم 11 سبتمبر/ أيلول 2001 جاء بعد تفجير طائرة مصر للطيران رحلة رقم 990 والتي تحطمت في المحيط الأطلسي أثناء رحلتها من لوس أنجلوس إلى القاهرة، مما أسفر عن مقتل 217 شخصاً كانوا على متنها - نصفهم تقريباً من الأميركيين.