وفقًا لأحكام نظام تنظيم شؤون الفوترة والرقابة عليها النافذ، أقرت لجنة الأحكام الملزمة في دائرة ضريبة الدخل والمبيعات قرارًا عامًا يُلزم باعتماد الفاتورة الإلكترونية، سواء الصادرة عن برنامج الفوترة الوطني الإلكتروني أو عن أي برنامج مرتبط به، وذلك عند احتساب المصاريف المتعلقة بالمشتريات المحلية من السلع.

واكدت اللجنة على ضرورة التقيد بعدم قبول أي مصروف يتعلق بالمشتريات من السلع المحلية أو الخدمات المقدمة محلياً ما لم تكن هذه المشتريات معززة بفاتورة صادرة عن نظام الفوترة الوطني الالكتروني وذلك اعتباراً من 2025/4/1، مشيرين في الوقت نفسه على أن المصاريف التي لا تدخل ضمن مفهوم شراء السلع أو تقديم الخدمات هي المصاريف المتمثلة بقيام أصحاب العمل الشركات المنشآت بدفع رواتب أو أجور أو أتعاب للموظفين أو المستخدمين أو عمال المياومة أو لأشخاص طبيعين مقابل أعمال كالتحميل أو التنزيل أو العتالة أو غيرها من الخدمات المماثلة ففي هذه الحالة لا يشترط وجوب وجود فاتورة صادرة عن نظام الفوترة الوطني لقبول هذه الرواتب أو الأجور أو الأتعاب كمصاريف ضريبيا وذلك تطبيقا لأحكام الفقرة (ج) من المادة (3) من نظام المصاريف والمخصصات والاستهلاك والإعفاءات رقم (55) لسنة 2015 المضافة.

وبموجب النظام المعدل رقم (2) لسنة 2025 والتي سيتم العمل بها اعتبارا من 2025/4/1 مع ضرورة التقيد من جهة أخرى بأن تكون الأتعاب المدفوعة لأي شخص طبيعي من عمال المياومة أو من مقدمي خدمات التحميل أو التنزيل أو العتالة أو غيرها من الخدمات المماثلة ممن ليسوا مشتركين بالضمان الاجتماعي معززة بكشف يبين اسم مقدم الخدمة الرباعي ورقم وثيقة إثبات شخصية : الهوية الشخصية أو جواز السفر وصورة عنها ، ولا يشمل هذا الاستثناء من تنظيم الفاتورة الالكترونية بكل الأحوال مقدمي الخدمات من الأشخاص الطبيعيين العاملين في مجال الاستشارات الطبية والهندسية والقانونية والمالية والمحاسبية أو خدمات إعداد أي دراسة أو استشارة أو بحث وما في حكمها.