وأكدت التحقيقات أن سبب الحادث هو اشتعال مولد كهربائي، داخل الكنيسة بعد تشغيله لانقطاع التيار بها بالتزامن مع عودة التيار؛ لخلل بالتوصيلات الكهربائية الخارجة من المولد، والتي تم تركيبُها منذ 5 سنوات، وامتدادها بغير انتظام إلى لوحة المفاتيح، وزيادة الأحمال عليها، مما أسفر عن نشوب الحريق، وامتداد ألسنته من الطابق الذي فيه المولد إلى طابق آخر، وكذلك أكدت التحقيقات أن أحدًا لم يتعمد بقصد إحداث الحريق.

وكانت النيابة العامة تيقنت من هذه النتيجة من اتساق الأدلة القولية في التحقيقات مع الأدلة الفنية فيها، حيث سألت النيابة العامة 33  شاهدًا -من بينهم ستة عشر مصابًا- منهم مَن أكد اندلاع الحريق بعد تشغيل المولد لانقطاع التيار الكهربائي بالكنيسة، وأنهم سمعوا صوت شحنات كهربائية صادرةً من داخلها بالتزامن مع عودة التيار إليها، وأن الحريق قد اندلع عقب ذلك، وهو الأمر الذي فسَّره الفحص الفنيُّ.

وانتهى تقرير الإدارة العامة لتحقيق الأدلة الجنائية -بعد معاينتها مسرح الواقعة نفاذًا لقرار النيابة العامة- إلى أن الحريق قد شبَّ بغرفة المخزن الكائنة بالطابق الثاني بالكنيسة نتيجة خلل بالتوصيلات الكهربائية الخارجة من المولد الكهربائيّ الموجود، والممتدة بصورة غير منتظمة للوحـة المفاتيح الكهربائية، وهو ما فسَّر ما انتهى إليه الشهود في أقوالهم.

كما أكدت تحريات الشرطة -وأيدها الشهود- أن أحدًا لم يتسبب عمدًا في سوء حالة التوصيلات والمولد، أو إحداث الحريق، الأمر الذي انتهت معه النيابة العامة إلى حفظ التحقيقات.