اعتقل الشهيد زهير لبادة ست مرات بدأت عام 1988 بتهمة المشاركة في فعاليات الانتفاضة الأولى، ومكث وقتها 6 شهور في الاعتقال الإداري، ثم اعتُقل لمدة سنة في العام 1991، وفي أواخر العام 1992 أبعد إلى مرج الزهور جنوب لبنان وعاد نهاية العام، وفور وصوله إلى الأراضي الفلسطينية اعتقلته سلطات الاحتلال، وكما اعتقل في عام 2007 لمدة 30 شهرا وأفرج عنه بتاريخ 2007/10/7.