وتعرض الشيخ لوعكة صحية أُدخل على أثرها إلى العناية المركزة في أحد مستشفيات المملكة العربية السعودية، حيث لفظ أنفاسه الأخيرة.

ومن المقرر أن تقام الصلاة على الفقيد بعد صلاة مغرب اليوم بالمسجد النبوي الشريف، وفقا لوسائل إعلام محلية سعودية.

ونعى وزير الشؤون الإسلامية والدعوة والإرشاد في السعودية الشيخ الدكتور عبداللطيف آل الشيخ، الفقيد الشيخ محمود خليل القارئ، وقال عبر حسابه في "تويتر": "تلقينا ببالغ الحزن نبأ وفاة الشيخ محمود خليل القارئ، إمام مسجد القبلتين والحرم النبوي المكلف، رحمه الله رحمة واسعة وغفر له وجزاه كل خير بما قدم، ونقدّم العزاء الصادق والمواساة لأسرته ومحبيه، ونسأل الله أن يلهم الجميع الصبر والسلوان، وإنا لله وإنا إليه راجعون".