بعد تركه منصب الوزير تولى طوقان منصب رئيس هيئة الطاقة الذرية، وليس مهما كما هو دائما التخصص وانما الشخص نفسه، فلطالما تولى زراعي الصحة او طبيب الاشغال العامة وما الى ذلك من الامور. ومر الامر عاديا الى ان برزت قصة او مشروع المفاعل النووي الاردني، ولأن الامر كبير جدا واستراتيجي وله اثاره بالاتجاهات كافة فقد ظل محل خلاف ووجهات نظر علمية وما زال الامر كذلك. وفي الوقت الذي يدافع فيه طوقان عن المشروع فإن فريقا مقابله ينشط ضده ويرى فيه مخاطر قاسية، ومع ذلك فإن المشروع هو الذي يسير قدما في حين يستمر معارضوه بالمحاولات النظرية لإقناع الدولة بالتخلي عنه، ولم يحدث جراء ذلك فض اشتباكات وانما تقاذف علمي بوجهات النظر.

المهندس باسم برقان فيزيائي نووي وأحد اشد المعارضين لمشروع المفاعل النووي الاردني ولديه حجته العلمية التي يستند اليها، والرجل من المتخصصين في المجال وكان سابقا من ضمن فريق الهيئة بمنصب ويعرف اكثر من غيره في حيثيثات وتفاصيل كل ما يخص المشروع النووي اكثر من طوقان نفسه. وقبل ايام ذهب لحضور محاضرة نظمتها مدرسة خاصة حول مشروع المفاعل يلقيها طوقان وكانت الدعوة عامة، وبعد ان دخل القاعة شاهده طوقان وطلب من المنظمين اخراجه منها وتم ذلك عنوة في مشهد ليس لائقا ابدا بطوقان نفسه وبالمنظمين وببرقان كشخصية علمية واعتبارية اردنية. ترى لو ان طوقان صاحب الحجة الاقوى، هل كان سيتصرف كما فعل، وهل لشخص بهذا القدر من رفض الاخر ان يكون مؤتمنا على مشروع بقدر وطن بأكمله، ثم أليس بالامكان تبادل الخبرات بأخلاق علمية طالما القصة ليست سياسية.